明代史馆隶属于翰林院，又受制于内阁，翰林院对史馆并无决策权，且翰林院内并无史馆，加上内阁对史馆的影响，使得它与翰林院的关系变得比较微妙。翰林院与史馆本是两个不同性质的机构。

○翰林院是诏书起草、文学顾问和艺术供奉机构
○史馆是修史和著述机构，至元代则将二者合而为一

明代沿袭元代制度而略有改变，正如明代陆容《菽园杂记》卷一四所云“国初循元之旧，翰林有国史院”。

○洪武十四年，“更定官制，罢国史院”，但仍“以修撰、编修、检讨专为史官，隶翰林院”。
○建文朝改制，“设文翰、文史二馆，文翰以居侍读、侍讲、侍书、五经博士典籍、待诏，文史以居修撰、编修、检讨。改孔目为典簿，改中书舍人为侍书，以隶翰林”。
○太宗朝，废除了文翰、文史二馆，但仍以修撰、编修和检讨为专职史官，隶翰林院。
 

由此可见，明初翰林院内的机构和职官设置虽然有所变动，但翰林院下设史官并负责修史的制度却并无改变。据《明史》卷七三《职官志-》记载，翰林“学士掌制诰、史册、文翰之事，以考仪制度，详正文书，备天子顾问。凡经筵日讲，纂修实录、玉牒、史志诸书，编纂六曹章奏，皆奉敕而统承之。诰敕，以学士一人兼领。大政事、大典礼，集诸臣会议则与诸司参决其可否。车驾幸太学听讲，凡郊祀庆成诸宴，则学士侍坐于四品京卿上”。

翰林学士是翰林院的最高长官，他的职掌表明翰林院具有三大职责：

○起草浩敕

○修纂史书

○文翰供奉。

翰林院下设的修撰、编修和检讨是专职史官，““史官掌修国史。凡天文、地理、宗潢、礼乐、兵刑诸大政，及诏敕、书檄、批答王言，皆籍而记之，以备实录。国家有纂修著作之书，则分掌考辑撰述之事。经筵充展卷官，……凡记注起居，编纂六曹章奏，誊黄册封等咸充之”。根据明代修史事实，我们也能发现明代翰林院的确负有修史之责。

那么，翰林院具体承担史书纂修的机构是什么呢?当然是史馆。明代史馆是历史的存在，各种文献均能加以证明。当时的史臣在奏疏中多次提到过“史馆”。

明代史馆无疑隶属翰林院。我们仍以修纂《仁宗实录》为例，宣宗在乙巳日的敕令中，要求礼部采辑史料“送翰林院编纂”。史料说明，翰林院的具体修纂史书的机构是它的史馆。由于翰林院负有修史之职，下面又设有史馆机构，由于史馆与翰林院的密切关系，致使翰林院的所有官员也有了“史官”的别称。

然而，史馆在行政上又常常受制于内阁。内阁本是翰林院设在禁中文渊阁备皇帝顾问和为皇帝起草诏敕的机构，由于“预机务”并接近皇帝，所以地位日渐升高，“虽无相名，实有相职”，反过来凌驾于翰林院之上。加之史馆与翰林院相隔悬远，而与内阁相毗邻，因此史馆的修纂活动常常受到内阁的左右。史馆修纂与否都由内阁决定。明代史馆修纂的最重要的史书《实录》，便常由内阁大学士作出修纂的决策。，重大修史活动如实录修纂，均由内阁首辅为总裁，翰林院掌院学士最多只能当副总裁。此外，修史的史料按规定由礼部采辑后径“送翰林院纂修”，但内阁常常插手，要求经由内阁转发史馆如张居正在其《议处史职疏》中曾提议，内阁所藏的文件，由“阁臣令两房官录送史馆”，同时各衙门章奏，“全抄一通送阁转发史馆”。这就越过了翰林院。然而，内阁对外没有独立的印钤，它的文移关防，又是用的翰林院印。这样，史馆从名义上来说，仍然属于翰林院管辖。

史馆与内阁的这种嗳昧关系，使史馆在隶属关系上呈现出复杂性和模糊性特征。

史馆馆址不在它所隶属的翰林院中，而在禁中左顺门内的内阁及其诰敕房东阁附近，距内阁相距不远。如此，内阁插手史馆从工作便利条件上也顺理成章了。